由正科到二级主任科员是不是降职了

算。二级主任科员是正科级，属于非领导职务，所以职责略低于科长、乡长、镇长等领导职务的正科级领导职务，所以可以算作是降职了。二级主任科员转任正科实职，是属于正常的职务提升，必须走选拔任用程序，最高也只能晋升到一级主任科员。